L'infectiologie est une spécialité médicale dont les objectifs sont la prévention, le diagnostic et le traitement des maladies infectieuses. Il s'agit d'une matière complexe, en constante évolution grâce aux progrès de la science.
Tout médecin doit avoir des connaissances de base pour sa pratique clinique du quotidien. C'est pourquoi nous allons revoir les notions essentielles.
Quelques définitions
Une maladie infectieuse est une pathologie dont les symptômes sont la conséquence d'une infection de l'hôte par un agent infectieux.
Un hôte est un organisme vivant qui peut être infecté. En médecine, il s'agit de l'être humain.
Un agent infectieux est un micro-organisme doté d'un pouvoir pathogène envers un hôte.
La relation hôte - micro-organisme
Les biologistes ont identifié différents types de relations possibles entre un hôte et un micro-organisme :
- Le neutralisme : aucune des deux espèces n'affecte l'autre.
- Le mutualisme : les deux espèces bénéficient de la relation, qui est indispensable.
- La proto-coopération : les deux espèces bénéficient de la relation, mais celle-ci n'est pas indispensable.
- Le commensalisme : l'une des espèces bénéficie de la relation sans que l'autre ne soit affectée.
- Le saprophytisme : une espèce se nourrit des matières organiques en décomposition de l'autre.
- La compétition : les deux espèces sont limitées à cause d'une dépendance commune à un facteur limitant.
- L'amensalisme : une espèce est limitée sans que l'autre en soit affectée.
- La prédation / le parasitisme : une des deux espèces se développe au dépens de l'autre.
Une histoire d'équilibre
En permanence, l'organisme humain est en contact avec des millions de micro-organismes. Pourtant, nous ne sommes pas tout le temps malade. Cela s'explique par les mécanismes de tolérance et de défense, orchestrés par notre système immunitaire. Nos relations avec les micro-organismes sont donc dynamiques : elles évoluent en permanence. Pour se développer chez un patient, une infection nait d'un déséquilibre dans ces interactions ou bien d'une particulière virulence du micro-organisme pathogène rencontré.
Le pouvoir pathogène d'un micro-organisme se définit comme la capacité de son espèce à infecter un hôte. On en distingue 3 types :
- Pathogènes stricts : ils provoquent obligatoirement une maladie infectieuse, quel que soit l'immunité du sujet
- Pathogènes occasionnels : une infection est possible en cas de facteurs favorisants
- Pathogènes opportunistes : une infection est possible en cas de déficit immunitaire profond et durable
La virulence d'un agent pathogène se définit comme sa capacité à déclencher une maladie infectieuse. Pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus ou moins virulentes.
Les différents types de micro-organismes
A ce jour, le monde microscopique reste encore mal connu. D'après nos connaissances actuelles, nous avons identifié moins de 100 000 espèces et nous pensons qu'il en existerait probablement 1000 à 10 000 fois plus.
Pour faciliter notre compréhension de ce monde microscopique, nous avons essayé de regrouper les espèces en fonction de caractéristiques communes. Dans les classifications actuelles, nous dénombrons 5 grands types de micro-organismes :
- les virus,
- les bactéries,
- les archées,
- les prions,
- les eucaryotes, qui comprennent :
- les microsporidies,
- les protistes,
- les champignons
- les helminthes,
- les arthropodes.
Dans des sections distinctes pour chacun de ces grands types, nous discuterons en détail de leurs caractéristiques, des pathologies qu'ils provoquent et de leurs traitements.